故事得从远古时代讲起。那时候，地球上出现了最早的生物，猿猴。随着地理变迁，一部分猿猴留在了陆地，一部分猿猴住进了水里。慢慢地住进水里的猿猴双脚蜕化变成了鱼尾。人与鱼类一直和平共处，直到六百年前。这一时期，人类文明得以快速发展，尤其是航海业逐渐兴起。
在遥远的东方有一个文明古国，国家出现了一个人。生于1371年的三宝。1381年，三宝因为战争被阉变成太监，被送至朱棣的燕王府。随后，屡立战功深受燕王赏识。1404年燕王登基，史称明成祖。而三宝被赐名郑和，受皇帝之命造船航海，下西洋以扬国威。1405年三宝率领两万余名官兵出航，先后到达各国。在途径印度洋西海岸古里海域时，撞见了一名海盗头领，陈祖义。陈祖义盘踞马六甲10多年为海盗，集团成员超过万人，战船百艘，是明成祖的心头大患。
是时只见陈祖义众人正在疯狂捕杀海中鱼类，三宝见状立即率领舰船靠前。等到靠近时才发现，海盗们捕杀的不是一般鱼类，而是上身为人下身为鱼的生物。三宝没有想太多，立即向敌船开炮，双方战斗数个时辰，终于擒获陈祖义。随后搜查盗贼船只时，发现船舱全是半人半鱼的生物，或死或伤。追问下才得知陈祖义名为海盗，实为追踪捕杀海洋的“美人鱼”，以提炼药物延长寿命。三宝生性善良耿直，毅然放走了所有的人鱼，人鱼也央求三宝不要对外界透露他们的存在。
1407年三宝回国，陈祖义被皇帝下诏砍头，不料临刑前对皇帝说“海上有鱼，上身为人，得之可长生不老，我愿意前往替...”话声未完，三宝手起刀落，“皇上，切勿听信小人之言。”皇帝一言未发，走了。十几天后，三宝又一次受命二下西洋。临行前，皇帝对三宝委婉表达了寻找人鱼之事，三宝愁云满面的点了头。1409年，在外佯装围捕人鱼两年后，三宝回国，称未找到人鱼。同年十月，三宝第三次受命下西洋，随行的还有皇帝主要谋士姚广孝。姚广孝是一代高僧，法名道衍，皇帝的心腹。
皇帝之意三宝心知肚明。船队出发，行至印度海域时，姚广孝终于发现人鱼踪迹。面对坚船利炮，纵使人鱼本领通天，终究输给了冷兵器。人鱼悉数落入姚广孝之手，就在启程回国之时，三宝偷偷告诉姚广孝，人鱼知道佛牙的下落。佛牙指的就是释迦牟尼佛未烧尽的遗骨残片的牙齿，也就是舍利。对一个僧人来说，世间恐怕难有比这更为贵重的东西了。为得佛牙，姚广孝决定依靠人鱼之力。人鱼一族遂听从三宝的建议，带领船队到达印度洋海域的狮子国(今天的斯里兰卡)，在那里取得佛牙。姚广孝想捉拿人鱼回国交差，却被三宝及时劝阻。
一方面，长生不老只是道听途说，没有可信根据。另一方面，朱棣篡位建文帝上台，为了证明自己的正统地位也需要效仿古代帝王迎佛牙，以平息民间的不满和反抗情绪。此次佛牙到手，既可以圆皇帝心愿，也能避免残杀无辜，也算功德无量之事。姚广孝本为出家之人，自然懂得其中利害，于是放走人鱼，于1411年回国。皇帝见迎回佛牙，自然大喜，于是不再追究围捕人鱼失利之事。而三宝一心想再见人鱼，所以自动请缨，以弘扬国威捉拿人鱼的名义又下西洋三次。
第四次和第五次下西洋，三宝教会了人鱼制造兵器、建造战船等技艺。在第六次下西洋途中，船队遭遇风暴，险些丧命，所幸得到人鱼相救，船队才得以返回。1422年，高祖皇帝去世，仁宗即位。见三宝下西洋并无实获，于是下令停止下西洋的行动。三宝日日思念人鱼，终于向皇帝求情，愿意再替皇帝去海域寻找传说中的人鱼，以获长生之术。皇帝应允。1431年，三宝七下西洋。临行前他告诉皇帝，自己若是以身殉国，还请善待郑家后代。随后，在行至印度西海岸古里时，船队遭遇风暴，风暴过后三宝于人间消失。
消息传回国后，皇帝厚待其家人。并下令翻阅查看七下西洋的航海记录，以期找到人鱼线索。不料三宝航海资料凭空消失，加之朝中再无卓越航海家，皇帝遂作罢。而在遥远的印度洋某个角落，三宝继续将毕生所知教给人鱼一族，以保族类平安。