孔子的学说对后世的影响取决后来历代帝王的统治需要，统治阶级需要什么，影响就是什么？秦朝是以法家立国的，儒家的思想和学说影响只在民间，所以才会有“焚书坑儒”的事情。汉代开始的时候是以道家的无为立国的，所以晁错才会被枉杀。直到董仲舒的“摆出百家，独尊儒术”的政治观点提出才使得汉代自武帝以后把孔子的学说提到了政治服务上来，正是因为这样，我们现在理解的儒家思想都是被汉代的统治阶级修改过的，更多的是从他们的角度来诠释儒家的思想，到了汉末，很多儒家的学说解决不了当时的问题，于是法家的“治乱世用重典”的思想再次发挥作用，这个时期的诸葛亮，曹操，司马懿等人都是法家的代表人物。
直到西晋的统一，由于政治的残酷很多人纷纷避世，这是道家的无为思想又一次在士这个阶层发挥作用，才会有“竹林七贤”“陶渊明”等人的出世之举。东晋延续了这一传统，很多人大多是放荡不羁的。南北朝以时期由于北方的少数民族政权和当时佛教的传入使得那一时期的思想大融合，最后到了隋的统一，才正式的完成多年的纷争。这时候儒家的思想，已经不断的和道家法家以及佛教，融合成为了一体，正是这样我们今天看到和理解到的基本上都是那个时期以后的儒家思想。唐朝是多元化的政治体系，即不把某一学说当做唯一的路线，又不排斥其他的学说，所以唐朝时中国的各家思想得到了一个新的发展。但是历史的车轮把当时的另一个以武将为主的时代碾压过之后，最终还是再一次统一，宋代的“礼教”是在很大程度的禁锢了儒家思想与学说的，并从此正式的成为了统治中国的唯一思想，并且深远 的影响了以后的明清。
说了这么多不难看出，任何统治阶级都需要一种被当时人们需要的理论来为自己的政权铺路，所以历史上的很多人都在热衷的崇拜某一学说，这可能就是最大的负面影响了。由于崇拜，由于需要，而不顾一切的沿袭就是负面的影响，这个负面影响的结果是，我们歪曲了原来的本意，认为的附会上很多自己的需要！