李自成逃禅石门夹山一说，流传极广。湖南省的石门县古称澧阳，又称澧州。据清代乾隆年间的《澧州志林》所收澧州知州何的《李自成传》一文称，李自成兵败，独窜石门之夹山为僧，法名奉天玉和尚。文中所指夹山即夹山寺，该寺位于石门县东15公里的三板桥，是一座唐代古刹，也就是本文一开始讲到的那个地方。寺内遗有与此说相关的一些碑记塔铭、诗文残板，以及奉天玉和尚的骨片和包括宫廷玉器在内的许多遗物，包括在1980年的考古发掘中发现的诸多文物。这些无疑构成了此说的有力佐证。
何的说法也是有关“闯王”出家的最早记载。据言，何曾到夹山进行考察，见到了一位服侍过奉天玉和尚的、口音像陕西人的70岁老和尚，他告诉何，奉天玉和尚是顺治初年来寺的，并取出其画像。据说画上人酷似史书所记李自成的模样。有人根据李自成曾自称“奉天倡义大元帅”，后又称“新顺王”，断定“奉天玉”即“奉天王”多一点，是为隐讳。而奉天玉和尚墓葬中发现的骨灰和砖刻《塔铭》，墓葬中，其弟子野拂所撰碑文及有关文物，都与何之文相印证。据持此说法的人推测，“野拂”就是李过，李过就是李自成的亲侄儿李锦，由此可证，被野拂精心侍奉的奉天玉和尚就是李自成。在夹山寺里还发现了记述奉天玉和尚《重修夹山灵泉禅院功德碑》(康熙碑)和《重修夹山灵泉寺碑坛》(道光碑)及密藏墙洞的《支那撰述》、咏梅残版和野拂撰文残碑、野拂墓碑、闯王令牌、临澧蒋家传世文物、6枚“永昌通宝”铜币、7个“西安王”铜马铃，更有夹山寺地道地宫密室发现的石雕龟形敕印。敕与诏一样，都只有君王才能使用，一般人是不能用敕和诏的。敕印与奉天玉诏这一切似乎进一步证实了奉天玉和尚就是李自成本人的事实。
持此说的另一依据是从战略推理上得出来的，认为李自成去当和尚，是为情势之所迫，是为了联明抗清。当时，李自成领导的大顺军的主要敌人，已经不再是明朝的势力，而换成了气势汹汹的清军。抗清已成为了当务之急。联合国内的其他武装力量便也显得举足轻重了。当时可以联合抗清的，只有唐王朱聿键手下的湖南何腾蛟。但与何腾蛟谈判，部队必须交何指挥，而何是唐王的宰臣，李自成则是皇帝，这在情理上是难以接受的。况且，李自成逼死了崇祯皇帝，深恐唐王不能谅解。于是，李自成遂采取假死、隐居的做法，巧妙地回避了矛盾，让皇后高氏和李过出面与何腾蛟联合，共同抗清。
然而，反对“逃禅说”的学者认为此说是经不起推敲的：奉天玉和尚虽然确有其人，但据塔铭记载，奉天玉曾历经清要。何为清要？《朝野类要》卷二曰：“职慢位显谓之清，职紧位显谓之要，二者兼之，谓之清要。”李自成则与清、要毫无干系，塔铭的作者刘萱为明朝遗臣，他是忠于大明朝的，怎能为农民领袖李自成写铭记功呢？这是无法理解的。况且，在1982年冬湖南慈利县新发现的《野拂墓碑》中有“久恨权阉……也逐寇林……方期恢复中原”等词句，这也表明野拂是痛恨宦官的明朝武官。而野拂对奉天玉和尚事谨慎的态度也说明他们之间关系的密切，同时说明奉天玉可能也是明朝遗臣。有记载说，奉天玉乃是顺治年间从四川到石门县夹山寺的云游和尚，他初到夹山，见古刹破败，便抛头露面、沿门托钵，求乞多方支持，以修复寺庙。若果然是自成逃禅隐居于此，怎能如此张扬，不懂得保密呢！
其实在四月下旬，大顺军主力行进到距离江西九江不远的地方就被清军又一次追上。一通混战之后，清军攻入了大顺军的老营，将汝侯刘宗敏、军师宋献策、李自成的两位叔父(赵侯、襄南侯)以及一批将领家属俘获。这一突然事变使得大顺军将士的士气大沮。由于清军已经追击到九江一带，大顺军东下的路途就有可能在长江下游被截断，因为这时清军的东路豫王多铎部正在取道河南归德府、安徽泗州向南京迫近，随时有可能回师而上对大顺军实施包围。李自成于是很敏锐地觉察出这一点，改变战略，掉过头来准备穿过江西北部转入湖南。于是在途经湖北通山县和江西宁州(今修水县)交界的九宫山下的时候，李自成本人发生了意外。这一幕一定是惊心动魄的场面，在明、清两方的文书里面则都有记载。南明的五省总督何腾蛟在隆武元年所写的《逆闯伏诛疏》中就说：
“臣揣闯逆知左兵南逞，势必窥楚，即飞檄道臣傅上瑞、章旷，推官赵廷璧、姚继舜，咸宁知县陈鹤龄等，联络乡勇以待。闯果为清所逼，自秦豫奔楚。霪雨连旬，闯逆困于马上者逾月，此固天亡之也。闯逆居鄂两日，忽狂风骤起，对面不见，闯心惊疑，惧清之蹑其后也，即拔贼营而上。然其意尚欲追臣，盘踞湖南耳。天意亡闯，以二十八骑登九宫山为窥伺计。不意伏兵四起，截杀于乱刃之下。相随伪参将张双喜系闯逆义男，仅得驰马先逸。而闯逆之刘伴当飞骑追呼曰：‘李万岁爷被乡兵杀死马下，二十八骑无一存者。
何腾蛟的这份奏疏是关于李自成牺牲在湖北通山县九宫山下的最原始文献之一。由于几个月以后李自成的部将接受了他的节制，他有充分的条件从大顺军将领及士兵的口中获悉李自成牺牲的经过。
而清军负责追击李自成的统帅阿济格也向清廷报告了李自成的死讯。他说，大顺军在九江地区失利后，尽力穷窜入九宫山。他们在山中到处搜寻，也没有找到李自成。降卒和被擒的大顺军士兵都说李自成逃走时被村民围困，不能逃脱，自缢而死了。于是找了认识李自成的人去认尸，但是尸体腐烂，无法辨认。李自成是死是活，还得继续察访。
阿济格的奏疏在主要情节上(时间、地点和牺牲经过)同何腾蛟的报告相一致，因为他的消息也是由当时原属于大顺军的兵卒所提供的，也具有相当的准确性。
清初的史家费密在其所著《荒书》中对李自成牺牲的经过作了如下的描写：
“大清追李自成至湖广。自成尚有贼兵三万人，令他贼统之，由兴国州游屯至江西。自成亲随十八骑由通山县过九宫山岭即江西界。山民闻有贼至，群登山击石，将十八骑打散。自成独行至小月山牛脊岭，会大雨，自成拉马登岭。山民程九伯者下与自成手搏，遂辗转泥滓中。自成坐九伯臀下，抽刀欲杀之，刀血渍，又经泥水不可出。九伯呼救甚急，其甥金姓以铲杀自成，不知其为闯贼也。武昌已系大清总督，自成之亲随十八骑有至武昌出首者，行查到县，九伯不敢出认。县官亲入山谕以所杀者流贼李自成，奖其有功。九伯始往见总督，委九伯以德安府经历。”
费密的这段记载相当详细，文中提到的牛脊岭则的确是当地的地名，而程九伯也确有其人，康熙四年《通山县志》有他的小传：“程九伯，六都人，顺治二年五月闯贼万余人至县，蹂躏烧杀为虐，民无宁处。九伯聚众，围杀贼首于小源口。”另查《德安府志》职官志“国朝经历”条下第一人即“陈九伯，通山人，顺治二年任”。姓名虽稍误，但也证明程九伯确实得到了清政府的奖赏。
根据上面列举的史料，基本可以断定李自成已经过世了。但是为什么清廷和南明当时还要怀疑李自成的死讯呢？
其实多尔衮刚收到阿济格关于李自成困死九宫山的奏疏时是相信的，他曾郑重其事地告祭天地太庙，宣谕中外。地方官员也纷纷上表庆贺。可是，就在阿济格班师回朝的途中，得到了大顺军重现江西的情报。由于阿济格并没有取得李自成的首级为验，多尔衮因此就开始怀疑李自成的死讯不可靠。七月二十日，他派人对即将进京的阿济格大加呵责。因为李自成牺牲以后他直接统率的那支大顺军主力确实进入了江西宁州、瑞昌一带。考虑到明清文献中“闯贼”一词既可指李自成本人也可指李自成起义军，因大顺军在江西而产生自成遁走江西的误传并不奇怪。所以说，所谓“自成生死终未有实据云”，“实据”其实应该就是指自成的首级了，这是清廷方面一直没有得到的，产生怀疑也是自然而然的了。
和清廷的情况相类似，李自成的死讯在南明的隆武朝廷里也激起了波澜。何腾蛟上奏自成身亡的经过情形以后，南明的隆武帝朱聿键“大喜，立拜东阁大学士兼兵部尚书，封定兴伯，仍督师”。尽管何腾蛟关于李自成死于九宫山团练之手的消息直接得自跟随李自成的许多大顺军将领，其中甚至包括了李自成牺牲时就在身旁的养子张鼐，应当说是相当可靠的。但是，由于何腾蛟也未能献上李自成的首级，隆武朝廷内部表示怀疑的便大有人在。右副都御史郭维经就曾经上书，认为李自成死于九宫山，五月死的，这些都是传言，而且是等到七月他的部下投降何腾蛟时才知道的，又是过了年以后上报的。就这样行大赏，似乎不太合适吧。况且李自成是生是死，是死在谁的手里都不知道。万一哪天杀李自成的人提着李自成的头来请赏，真不知道何腾蛟该怎么解释？而且万一李自成没死，以后在哪个地方出现了，到那时，皇上您可怎么办哪？这么一说，朱聿健也起了疑心，让何腾蛟再报一次，然后再宣布这一捷报。在这种情况下，何腾蛟又第二次上疏辨明“闯死确有实据，闯级未敢扶同，谨据实回奏”(即《逆闯伏诛疏》)。
这样，明、清双方虽然分别得到了李自成牺牲的准确消息，却都不同程度地表示了怀疑。其根本原因就在于谁也没有找到李自成的遗体，所以不敢十分确定。
李自成首级为什么没有落入彼此双方之手呢？原因很简单。就南明来说，大顺军在安葬了李自成遗体后就转入江西和湖南，通山县已属清军的势力范围。何腾蛟当时在湖南长沙，不大可能派人前往清方控制区去发掘李自成遗体。其次，何腾蛟名为五省军务总督，实力却相当有限，只是由于大顺军将领的主动才建立了联合抗清阵线，“一时骤增兵十余万”。即便有可能派军队进入通山县，何腾蛟也绝不敢开罪于实力远胜于自己嫡系军队的大顺军余部，跑去把李自成遗体挖出来枭首“报验”。这个道理十分明显，但他在疏中不便明说，只好含糊其辞地解释说剿抚道阻音绝，没法拿到他的首级报验。
至于阿济格未能取得李自成首级的原因，大约是由于时间相隔稍久，农历五月以后南方天气已相当炎热，“尸朽莫辨”也是完全可能的。上引康熙《通山县志》记载大顺军在领袖牺牲后曾对当地的地主武装实行报复性打击，杀了几千人。而清政府真正弄清楚李自成被害的具体情节，还是在顺治二年(1645)七月十五日江西湖广等八省总督佟养和上任后，“有至武昌出首者，行查到县”，才找到杀害李自成的凶手程九伯。阿济格向清廷奏报的时候还没有找到这个线索，他派去实地查验的人在几千具朽尸当中瞎转，无法取得实证就毫不足怪了。
总之“闯王”李自成是中国历史上一位千古少有的传奇英雄，他发动和长期坚持的大规模的农民战争，推翻了盛极一时的明王朝，但他却败在关外新兴的北方少数民族--满族所建立的清廷之下。无论是失误也好，即使有天生缺憾也罢，由于当世、后世都对于这次起义和与这次起义有关的历史资料的禁毁，致使我们今天对李自成一生中的许多问题已不可能充分地了解了。因此关于李自成失败后，直到最后归宿的疑案，至今也同样真相难明，虽然各方面各执一词，但诸多的记载与传说，还是有待于进一步去澄清和发现。
李自成处在几方势力的纠葛中，于明于清似乎他都不得不死，也好让出师之人有了回复主子的理由，否则无法向各自的主子证明大顺已去，平叛成功。然而，就是在这样的情势之下，他仍存在不死的可能性。明清两方派出的平叛大军都急于向主子结案，他的军队被灭就是一个绝大的战绩，无法东山再起也可以说就等于李自成已死。这样，也就可以给出李自成出家的机会，事实上，也只有出家才符合情理。其实，被杀也好，出家也好，李自成以一介平民出身，肩扛反明大旗，且能进京称帝，已然令人惊叹。可惜，他这个皇帝只当了14天。