6岁的福临被拥立为新皇，是权力斗争的微妙结局，但是在众多的皇子中选中福临，而多尔衮表示同意，这就和福临的母亲孝庄太后分不开了。对于孝庄与多尔衮的关系，民间有很多传说，这也是清初四大疑案之一。传言的产生，始于张煌言（即张苍水）所写的七言绝句。在这首题为《建夷宫词》的诗中写道：
上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。
春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
掖庭犹说册阏氏，妙选孀闺作母仪。
椒寝梦回云雨散，错将虾子作龙儿。
这首诗成于顺治七年（1650年），是当世人的记载，造成了极大的轰动，在民间快速流传开来。可是，如果清初真有太后下嫁摄政王多尔衮，封摄政王为“皇父”一事，必然有颁诏告谕之文。然而，虽然传言众多，但一直没有关于太后下嫁的可靠的史料佐证。这有可能是被皇室后人、历代帝王所隐灭造成的。
孝庄与多尔衮相恋是否属实
民间流传着太后下嫁摄政王的传言，很可能与孝庄和多尔衮相恋的事实有关。清初努尔哈赤和皇太极在创业过程中，皆得力于政治婚姻。太宗的孝端、孝庄两位皇后都出自于博尔济吉特氏。满洲皇室与这个家族累世结姻，早已成为国戚第一家。
孝庄皇后生于万历四十一年（1613年），《清史稿》中记载她“于天命十年二月来归”，那时的孝庄不过是13岁的孩子，按当时的情况估计，她是来投靠她的姑姑，等到年龄合适的时候再择佳偶婚配，本没有打算要成为太宗的妃子的。而多尔衮生于万历四十年，长孝庄一岁。由于在努尔哈赤崩逝时，四大贝勒处于政治利益的考虑，逼迫多尔衮的母亲大妃陪葬，这样尚且年幼的多尔衮和弟弟多铎，就由太宗抚养。此时多尔衮15岁，孝庄14岁，共同生活在一个屋檐下，朝夕相处，而且年岁相当，滋生情愫，是极为正常的事。而传说中，多尔衮毫不避嫌，“亲到皇宫内院”的事，为了孝庄的可能性要大于其他任何人。此外，多尔衮是否曾自称为“皇父摄政王”也是这场传言的一个疑点。《朝鲜实录》中记载“皇父”这个称呼只是清朝官吏与朝鲜使臣之间私下的称谓，单凭此一条，不能完全证明有无下嫁之事，只能证明在诏书与使节的官方辞令中，没有公开承认太后下嫁的文字而已。但是，不管怎样，有“皇父”之称传出，即使孝庄没有真的下嫁于多尔衮，也必然与其有暧昧关系。
孝庄因何不与太宗合葬
康熙二十六年（1687年），75岁的孝庄离开了人世。但是，出人意料的是，孝庄并没有与皇太极合葬于关外昭陵，而是要求别葬于关内盛京之西的昭西陵。如此出于情理之外的请求，引发了多方的揣测，世人以为发生这种变故很可能是下嫁之故。
史书记载，孝庄太皇太后在临终之时，告诉圣祖康熙，由于太宗陵寝奉安已久，且已有孝端皇后合葬，不可因为自己而轻动土木，而且，自己心中还时刻惦念着顺治与康熙父子，所以，应当在顺治孝陵附近安陵。但这不过是官方文书藻饰之辞，不能够令人折服。而且，在事实上，康熙年间也认为这事难办，难堵众人悠悠之口。终康熙一朝也始终未能安葬孝庄，孝庄的梓宫一直停放在顺治孝陵之侧。直到雍正三年（1725年），雍正服父丧27个月之后，才动工兴修昭西陵。
在中国传统的丧葬礼节中强调的是“入土为安”，但康熙却三十多年不葬祖母，虽然雍正解释为康熙与祖母感情笃深，不忍下葬，但这始终是说不过去的，其中必有迫不得已的隐衷。在孝庄崩逝之后，康熙违反常规执意要在宫中为祖母守三年之丧，后因朝臣反对，康熙也戴孝将近两年。康熙的言行留给世人的感觉是，在纯孝之外，似乎还对祖母怀有一份非常浓重的歉疚之心，希望有所补偿。而这份歉疚来源于何，必然是康熙的一份不可告人的隐痛。这隐痛就是孝庄为了保存皇太极的遗孤，保住皇太极一生奋斗而来的事业，不得不做出有悖伦常的事情。在这一点上，孝庄不仅没有辜负太宗，而且应当为太宗谅解，甚至是感激。但是，碍于世俗礼法，孝庄竟然不能与太宗合葬，遭受了莫大的委屈，背负着不白之冤，这是康熙心中永远的隐痛，至死不休。
当时，多尔衮提携原本不受重用的满达海、阿巴泰、尼堪继承了王位。他们成为议政王之后，自然对多尔衮唯命是从。此时，八旗兵力的分配情况是：两黄旗，名义上归世祖，实际上由多尔衮以摄政王的身份指挥。正白旗，为多尔衮的嫡系武力。镶白旗，本由多尔衮胞弟豫亲王多铎为旗主，此时亦归多尔衮。正蓝旗，本为太宗所有，顺治初又归多尔衮，而名义上的旗主为豫王之子多尼。正红旗，此旗为代善所有，现在旗主为满达海。镶红旗，旗主为克勤郡王岳托，英亲王阿济格亦持有一部分。这样，多尔衮握有两黄、两白、正蓝五旗，对两红旗亦有影响力，只有完全属于郑亲王济尔哈朗的镶蓝旗是唯一的敌对势力。
在这样的压倒优势之下，何事不可为？作为摄政王的多尔衮贬斥了郑亲王济尔哈朗，诛杀了豪格，手握重兵，党羽密布，所有的反对势力都已臣服，他唯一有所顾忌的，就是孝庄太后。那么，多尔衮由未入关以前想夺皇位而不能，到此时能夺皇位而不夺，其真实原因究竟是什么呢？唯一可以解释的就是孝庄。作为少年时的爱侣，孝庄太后以万缕柔情，约束多尔衮的“最后行动”，其间绸缪委屈，调护化解，不知费了孝庄多少苦心。
至此，可以判断孝庄决无下嫁多尔衮之事，但其失身却是不可避免的。孝庄太皇太后留下遗旨不与太宗合葬，就是认为自己白璧有玷之身无法再与太宗同穴。康熙完全了解孝庄当年辱身以存太宗天下的苦心，所以孝养无微不至。孝庄去世之时，不能葬于皇太极昭陵，但是康熙不忍心让祖母孤零零地别葬他处，所以才形成了停孝庄梓宫数十年，而无法下葬的局面。孝庄不能与太宗合葬的苦心不仅康熙了然，朝臣心中也如明镜似的。