康熙帝统一台湾之后，没有像汉武帝打匈奴、唐太宗战突厥那样，战胜即走，得而复失。康熙帝对郑克塽等以往之罪，尽行赦免，并从优叙录，加恩安插，封郑克塽为公、冯锡范为伯、刘国轩为天津总兵官，俱隶上三旗。他采取若干重大措施，特别是加以制度化。
第一，设府置县。台湾统一之后，如何进行管理，弃留两议，廷争未决。康熙帝也在征求一些大臣的意见：
康熙帝问：“然则弃之乎？”
李光地答：“应弃！”
康熙帝问：“如何弃法？”
李光地答：“空其地，任夷人居之，而纳款通贡，即为贺兰（荷兰）所有，亦听之。”（李光地《榕村续语录》卷一一）
李光地等人为“得其地不足以耕，得其人不足以臣”，而主张“迁其人，弃其地”，就是将岛上兵民迁到内地，而将岛上土地给荷兰人。靖海将军施琅认为不可弃地、不能迁民。他认为：“虑事计其久远，防患在图于未然。”（《清史列传》卷九《施琅》）他上《恭陈台湾弃留疏》说：
台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护；隔离澎湖一大洋，水道三更余遥……弃留之际，利害攸关。臣思弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。（施琅《靖海纪事》下卷）
经过在福建官员会议、朝廷会议讨论，康熙帝从施琅议，命在台湾设一府三县——台湾府，台湾（今台南）、凤山（今高雄）、诸罗（今谢遂《职贡图》之“诸罗县内山阿里等社归化生番”嘉义）县。台湾府隶属福建省。尔后，光绪十一年（1885年）九月，清朝“改福建巡抚为台湾巡抚”，正式建立台湾行省，刘铭传为第一任台湾巡抚。
第二，驻扎军队。设总兵官1员、副将1员、参将2员，率兵八千，驻防台湾；设澎湖副将1员、兵两千，镇守其地。
第三，开放海禁。清初海上反清活动很多，曾下禁海令：寸板不许下海；又下迁界令：东南近海居民内迁50里，房屋弃毁。统一台湾后，康熙帝又从施琅建议，开海禁，通贸易。海禁一度开放。
第四，建设台湾。康熙时开始在台湾府建府学，在台湾、凤山、诸罗三县分建县学，在番民中建社学，铸康熙钱。康熙朝纂修《康熙台湾府志》、《康熙台湾县志》、《康熙凤山县志》和《康熙诸罗县志》。台湾人始参加福建乡试。泉州人陈赖章与番民签约，开始在台北垦荒种田。康熙四十四年（1705年）冬，台湾闹饥荒，康熙帝命蠲免台湾、凤山、诸罗3县粮米。康熙帝还将宫苑内的西瓜籽赐到台湾种植。在康熙朝台湾重归版图的近40年间，台湾的经济、贸易、社会、文化、教育，都得到很大的发展。
康熙大帝统一台湾，做得干净、利索、漂亮、成功。康熙帝统一台湾的历史经验：一是时机抓得好，二是主帅用得好，三是善后制度好。康熙帝统一台湾表明，他已经是一位成熟的政治家。
附录一：关于郑成功收复台湾的时间
《辞海》“郑成功”条说：“康熙元年（1662年）二月一日，荷兰总督揆一投降，台湾重回祖国怀抱。”这种说法有欠缺：其一，二月一日应是阳历，而不是阴历；其二，1662年2月1日，实际上是顺治十八年十二月十三日。康熙元年正月初一日应是公元1662年2月18日。事情虽发生在公元1662年2月1日，却是顺治十八年十二月十三日，本月末为二十九日，这时距康熙元年元旦还有16天。因此，从帝王纪年方面，说郑成功收复台湾在顺治十八年（1661年）可以，说郑成功收复台湾在康熙元年（1662年）不可以；从公元纪年方面，说郑成功收复台湾在1662年可以，说郑成功收复台湾在1661年不可以。
附录二：关于“破肚将军”的记载
康熙间，澎湖之战，漳浦蓝军门实为前茅。贼舰蔽江，迎敌，炮中过腹，肠出矣，血淋漓。公族子法为掬而纳诸腹中，四弟瑗傅以衣，五弟珠持匹练连腹背交裹之。公大呼杀贼，不暇顾也。有红毛医能治之，卒无恙。台湾平后，公入都，抵赵北口，遇圣驾出水围，马凝立不及避，乃舍骑，步入粱园中。驾至，遣侍卫问谁骑。公乃出曰：“臣蓝理从福建来者。”上问：“是征澎湖时拖肠血战之蓝理邪？”公奏曰：“是。”召至前，问血战状，解衣视之，为抚摩伤处，嗟叹良久。嗣专阃吾浙，每遇南巡，迎谒圣驾，见公辄语诸王公以拖肠血战状。又引见皇太后曰：“此破肚将军也！”（陈康祺《郎潜纪闻三笔》卷四）