朱棣自称是马皇后所生，自然也就是所谓嫡子了，但事实上其实，经历代学者考证，明成祖的生母不是马皇后。成祖的生母问题，不只是关系到他的身世，而且深刻地影响到他一生的行为，有野史记载碽妃就是成祖(朱棣)生母，并且正史之中也能找到应对此项推测的证据。
明人沈玄华在《敬礼南都奉先殿纪事十四韵》中有：“高后配在天，御幄神所栖。众妃位东序，一妃独在西。成祖重所生，嫔德莫敢齐。”因此，包括当代著名历史学家吴晗先生在内，都深信朱棣的生母为“碽妃”李氏。最普遍的观点是，朱棣的生母其实是个高丽人，李姓，封贡妃，论据是《南京太常寺志》所记：“右一位贡妃生成祖文皇帝”。史料中关于贡妃的资料很少，据说是因为生朱棣的时候早产，朱元璋认为孩子定非己出，而将其赐死。
朱棣夺位当了皇帝以后，在当时的京城，也就是今天的南京，修建了一座大报恩寺，这座寺庙大门内有一座正殿，平日大殿的门紧闭，老百姓不能随便进去，所以也都不知道里面到底供奉着什么。在朱棣当了皇帝以后明朝的二百多年间，外人从来没有人知晓。直到清军入关，明朝灭亡，它的神秘面纱才被揭开，这座大殿被人打开来一看，原来里面供奉的是碽氏的牌位。朱棣修大报恩寺，原来是想报生母碽氏的生育之恩，朱棣既然知道自己的生母是碽氏，并且也想报恩，为什么又要隐瞒这件事情呢？
朱棣为夺取皇位，杀人如麻，他甚至可以被评为中国历史上杀人最多的皇帝之一，那时候他几乎是杀红了眼，绝对是顺之者昌，逆之者亡了。可是到了要认自己的生母了，他却遮遮藏藏，欲盖弥彰，软弱得让人难以理解，这其中的原因不外乎下面这几点：
1、保皇位。朱棣费尽千辛万苦抢来皇位很不容易，他的做法在人们心目中被视为篡位。名不正则言不顺，因此他若要保住皇位，就得拼命掩盖篡位的恶名，想尽千方百计来证明自己皇位的合法性。于是就得打出正牌来，如果出身既是庶出，又是篡位，这皇帝能不能当下去还真不好说，我们在这里揣测一下，朱棣每当想到不能承认亲生母亲的身份，不能给她应得的荣誉和地位，一定非常苦恼，非常愧疚。可这事又万万不能对外人讲，也就只好把母亲的牌位放到寺庙里，在心里默默请求母亲原谅自己。人在江湖身不由己，为了坐稳皇帝的宝座，他只能忍痛这样处理了！
2、争正统。马皇后是正牌皇后，因此说是她生的，身份自然就是正统的了，同时也就可以为朱棣的夺权找到借口——当初朱元璋和马皇后原本就是想把皇位传给朱棣的，只是因为有人出坏主意，才传给了皇太孙朱允炆。另一方面，朱棣说自己是马皇后生的，也就比太子妃生的朱允炆的地位更正统了。
3、怕舆论、要面子。朱棣的生母碽氏是一位蒙古族的女性，在今天看来，这当然算是一件好事，因为少数民族在工作学习生活中会有一些优待政策。可在当时，就完全不是这么回事了，朱元璋是从蒙古族统治者手中夺得天下的，当时元朝残余势力虽然退到大漠以北，可仍然苟延残喘地与明朝对峙，双方还在打仗。朱棣若承认是碽氏所生，就等于承认自己是蒙古族的后代，这就是朱棣不能公开认自己蒙古族生母的主要原因。
朱棣不公开认生母一事虽然有许多历史原因，但不管怎么说，还是主要因为在他的眼里，皇帝宝座重于亲情。从小浸染权欲的朱棣，终究无法摆脱权力这枚糖衣炮弹的利诱，朱棣的亲生母亲碽氏最终连一座坟墓都没有留下，而这段历史，也最终被朱棣带入了他的坟墓之中，从此没有人能够知道当时的真相。这成为后世的史学家们花费心思去考证的历史疑点，终归让人感到有些遗憾和可悲。