西汉初年，汉高祖与丞相萧何之间的关系充分展示了皇权和相权之间的内在矛盾与冲突。萧何是刘邦的故友，从刘邦起兵反秦开始，萧何就追随刘邦，勤勤恳恳、兢兢业业，为刘邦夺取天下倾注了一生的心血，刘邦也对萧何恩赏有加。当天下平定以后，论功行封，群臣争功，一年多时间不能决定。高祖认为萧何功劳最大，名列第一，封为侯，并任命为相国，特准带剑上殿，入朝不趋。众将认为萧何从来没有在前线打过仗，反而功列第一，都不服气。高祖力排众议，说：“比如打猎，众将之功，好比猎犬;发现野兽踪迹而指示猎犬捕获者，乃人也，萧何之功即为人功。名列第一，岂不宜乎？”
但是萧何任为相国以后，居一人之下，处万人之上，位尊权重。他总理百官，协理万机，一切国事皆由其管辖。相国权位既重，礼遇亦隆。高祖特恩准萧何带剑上殿，入朝不趋，奏事不名。皇帝为了表示对丞相的礼敬，“御座为起，在舆为下”，丞相生病，皇帝还要到丞相府亲自慰问。丞相权力的增大，必然与皇权发生冲突。皇权与相权的矛盾是我国两千多年封建专制集权制度中的突出特点。这在汉高祖与萧何之间就表现得非常突出。萧何虽然功勋卓著，有丰富的治国经验，但他不像韩信那样不知自持，他对刘邦的为人知之甚深。每当刘邦对他稍有猜忌时，即能机智地予以化解。刘、萧之间以权术相角力的故事引起了史学家司马迁的浓厚兴趣，他在《史记·萧相国世家》中以浓墨重彩描写了这两位早年的好友、后来的君臣之间的三次权术之争。
第一次是在楚汉战争时，萧何任丞相，镇守关中，汉王与项羽相持于京索之间。汉王数次派遣使者回关中慰劳丞相，这显然不是一个正常的现象。萧何手下有一位姓鲍的人对他说：“汉王在外风餐露宿，却多次派使者慰劳丞相，恐怕是有疑君之心。依我之见，丞相不如把亲族中可以当兵的子弟全部送到汉王军中服役。这样，汉王不仅不会怀疑您，而且会更加信任您。”萧何采纳了鲍生的意见。这一天，汉王正准备与楚军决战，忽报丞相派遣宗族子弟前来助战。汉王一听，非常高兴，立即召见萧何的亲属，向他们询问丞相的近况。他们回答道：“丞相托汉王之福，一切安好，惟念大王亲临战场，栉风沐雨，备受艰辛，恨不能相随左右，特遣我等前来供大王使唤，乞大王恩准。”汉王见状大喜，说道：“丞相为国操劳，公而忘私，真乃忠臣也。”萧何把自己的宗族子弟送往汉王处，实际上是以他们为人质，果然汉王对镇守关中的萧何放心了。
刘邦不得已曾分封了九位异姓诸侯王，但他对这些异姓诸侯王却如骨鲠在喉，必欲去之而后快，于是设计予以剪除，或亲自带兵征剿。每当他出征时，对在京城的萧相国总是极不放心。越到晚年，汉高祖的这一心态越是明显，因而皇权与相权之间的冲突日益突出。汉高祖十一年(公元前196年)，陈谋反，汉高祖亲自带兵征邯郸。哪知又有人密告韩信在关中谋反，萧何辅佐吕后用计诛杀了韩信。汉高祖在邯郸得知韩信被诛，除去了心头隐患，心中当然非常满意，但他对萧何也不放心，于是派遣使者回京师，拜萧何为相国，增加五千户封邑，同时又命一名都尉率五百名士兵作为相国的警卫部队。这样做，既是为了笼络萧何，同时也有监视的意思。
朝中大臣见萧相国如此受高祖宠信，纷纷前往萧何府上祝贺。唯有一个名叫召平的人，他来到萧府，不仅不表示祝贺，反而对萧相国说：“公将大祸临头矣。皇上在外，公在朝中，既增加公之封邑，又为公设置警卫，显然是对公起了疑心。愿公上书辞让封邑和警卫，并将家中私财悉数捐出以佐军资，以解除皇上心中疑忌。”萧何原本就对此次增封大惑不解，听了召平一番话，深以为然，立即采纳了他的计谋，又一次化解了汉高祖对他的猜忌。
第二年，淮南王黥布谋反，汉高祖又亲自带兵征伐。萧何因为皇上在外征讨，总是兢兢业业，勤于国事，安定民心，源源不断地向前方输送给养。但萧何越是勤勉，汉高祖心中越是不踏实，他又故态萌发，常常派使者回长安询问相国的近况。萧何对皇上的这一举动很费猜量。有一位门客向他道破了高祖的心思，说：“君不久即将灭族矣。君位居相国，功称第一，如此勤勉，还想再高升吗？君初入关中，至今已十余年了，深得百姓拥戴。皇上之所以近来不断地询问君的作为，就是怕您深得民心，倾动关中。依臣之见，君不如在京师多置田地，强迫百姓贱价卖地，使关中百姓都骂君贱买民地。这样，皇上知道君仅仅贪财，没有政治野心，他也就放心了。”萧何自任丞相以来，公忠体国，不谋私利，但为了解除皇上对自己的猜忌，他不得不采纳这位门客的计谋，自污以免祸。果然，萧何的骂名很快就传到了高祖那里，汉高祖听了，心里如同吃了蜜一般甜。高祖征讨黥布归来，关中百姓拦道向高祖上书，控告萧相国强迫贱买民田宅。高祖回朝，萧何拜谒。高祖笑着对萧何说：“相国竟如此‘利民’呢！”随即便把百姓的上书交给萧何，说：“君自己去向百姓谢罪吧！”于是萧何将所有的田宅全部退还于民。
萧何鉴于关中地狭民众，农民占田普遍不足，便乘机向高祖建议将皇家御园上林苑中的空地分给无地之民。汉高祖一听，不觉勃然大怒，说：“原来相国受了商人的钱财，竟然来向朕要上林苑。”下令把萧何交与廷尉，关押在监。
过了几天，一位姓王的卫尉见皇上的气已经消了，便问道：“相国有何大罪，陛下竟如此重惩？”高祖回答说：“朕闻李斯相秦始皇，有善则归于主上，有恶则自己承担。今相国收受商人的钱财而为民分朕御园，收买民心，故此将他关押起来。”王卫尉劝道：“萧何为相国，有便于民者则请之，此乃宰相职责，陛下为何竟怀疑相国收受商人的钱财？当年陛下与楚数年相争，后来陈、黥布谋反，陛下亲征，相国守关中，若有所为，则函谷关以西非陛下所有也。
相国不在此时谋利，竟在天下大一统以后收受商人的金钱吗？况且秦之所以亡国，其中很重要的一个原因就在于听不到批评意见，李斯归恶于己，又何足效法哉！”一席话说得汉高祖无可辩驳，其实他也知萧何是一个谨小慎微之人，于是当天就派使者持节赦免萧何出狱。年迈的萧何从狱中出来，不先回家，跣足入朝向汉高祖谢恩。高祖看着萧何衰老年迈的样子，也不免生出恻隐之心，说：“算了吧，相国！相国为民请御园，朕不许，朕不过为桀纣主，而相国为贤宰相而已。故此朕将相国关押起来，让天下百姓都知道朕的罪过。”
萧何一生谨慎，谦恭自守，不居功，不自傲，对汉高祖忠心耿耿，也不免遭到皇帝的猜忌，竟然以自污免其祸，臣下侍奉君主之险恶由此可见一斑。