裴寂是大唐开国元勋不假，但在唐太宗时期几次犯法，太宗很想杀了裴寂。唐太宗对侍臣们说：“寂有死罪者四：位为三公而与妖人法雅亲密，罪一也;事发之后，乃负气称怒，称国家有天下，是我所谋，罪二也;妖人言其有天分，匿而不奏，罪三也;阴行杀戮以灭口，罪四也。我杀之非无辞。议者多言流配，朕其从众乎。”
要了解太宗的这段口谕，首先了解下裴寂和法雅之间的事情。有个名叫法雅的和尚，过去曾自由出入皇宫和东宫，是李渊和李建成的红人。在玄武门之变后，李世民即位，自然法雅的光辉时代也一去不返了。法雅被禁止出入宫廷，心中十分怨恨，经常对一些熟人发牢骚。可是谁都知道李建成的时代一去不复返了，经常听到法雅说这些话，那都是大逆不道。于是有人就到官府去告发，官府立刻把法雅抓起来讯问。在讯问时，法雅交代他说的很多诽谤朝廷的话，裴寂都知道，于是裴寂也被带到官府接受调查。裴寂当然不承认，法雅却一口要定裴寂就是知道。于是朝廷就罢免了裴寂的官职，还削掉裴寂一半的封邑，不许裴寂留在京城。裴寂很不服气，就去找唐太宗理论。裴寂不知道事情的轻重，自然是无功而返。
这个法雅和裴寂一样都是李渊和李建成的心腹。当李世民即位之后，第一要清理的就是李建成的手下。虽然，李世民对魏征非常客气，但是魏征只是个例外，对其他李建成的属下就毫不留情了，只要不向自己效忠，就用各自手段去打压。法雅虽然是为佛教的大师，但是在政坛上只是微不足道的小人物，下面的官员自然想借法雅之口，钓上几条大鱼。看法雅之后一口要定裴寂知道自己的妖言，就可以看出是受了官府的胁迫了。官员们知道裴寂也有关联立刻上报李世民。李世民本来就对裴寂有诸多不满，当然借题发挥了。
裴寂央求太宗让自己留在京城，并说起自己当年的种种功劳。确实，在李渊时代，李渊曾经当着满朝的大臣的面拉着裴寂的手说：“要是没有爱卿，我怎么能有天下！”裴寂俨然成为兴唐第一功臣。当年李世民不好说什么，现在李渊倒了，李世民做了皇帝，当然要为自己正名。
李世民说：“按你的真才实学和功劳，不可能有今天这么高的地位！只不过因为先帝念你对皇家有功，才使你位居首辅。其实，先帝在位时，政治法律方面纰漏谬误极多，地方官吏办事松弛、施政紊乱，你是朝廷宰辅，你难道就没有责任？但我还是念当年我们之间的旧情，不对你施以极刑，让你回归故里，你还有什么不满意的呢？”
在李世民看来，兴唐第一功臣当然是自己，其次是刘文静，再其次才是裴寂。裴寂处处宣扬没有他，就没有大唐天下，那是贪天之功，罪大恶极。至于李世民批评裴寂处理政务有很多失误，却是欲加之罪。就算是和在李渊时代，李世民也是朝中说一不二的重要人物。虽然说裴寂和李渊交情莫逆，但是大政方针还是要李渊拍板，李世民支持。李世民如此说的真正目的，是要大范围的否定自己的父亲。李渊有很多事情都处理不当，这样就可以让世人理解，李渊没有册立李世民为太子，也是李渊荒悖的延续，对李世民登基自然也会更多一些理解和支持。
在裴寂回归故里蒲州不久，有个居住在汾阳的狂生，名叫信行，经常向裴寂家的仆人说：“你们家裴公有天分，是帝王之相。”估计此人不了解朝局，还以为裴寂是在一人之下万人之上风光无限的李渊时代。此人更不了解李世民，还以为在大唐安天下十余年后，还可以兴兵作乱。仆人把这些话告诉给裴寂，裴寂不但不高兴，反而吓得半死。悄悄命人去杀了这个信行的狂生，免得连累自己，甚至又命心腹恭命把也听过这些话的仆人杀死。可是恭命和那个仆人关系不错，不但没去杀，反而让那个仆人藏了起来。在后来，恭命偷盗了裴寂的上百万钱逃跑，裴寂到处追捕他，恭命就跑到朝廷去告发裴寂。裴寂就被二度接受审查。
这次唐太宗不想放过裴寂，他列举的四大罪状中，“恚称国家之兴皆其所谋”是李世民最不能容忍的。但是朝廷大臣很多想李世民求情，包括李世民的一些近臣。最主要的原因就是裴寂是大唐开国元勋，杀裴寂有损李世民的名声。
这点李世民当然清楚。在即位的第二年，李世民去南郊祭祀，命令裴寂和长孙无忌同他共坐一辆车。裴寂很惶恐，表示不敢同坐。李世民说：“你有辅佐我李唐建国的大功劳，而长孙无忌也能尽全力帮助王室，除了你们两个人，谁还有资格和我同乘一辆车？于是裴寂只能上车。
在此时，李世民即位不久，人心未附，何况是举行祭祀，天下臣民多少眼睛关注着！李世民对裴寂的优待，想必让很多当年拥护李建成的人长舒一口气。可是这样做并非是李世民的真心，一旦屁股坐稳，李世民就开始清算了。
在高祖李渊时代，曾经议定太原起兵的功劳，前三名是李世民、裴寂、刘文静，之后是长孙顺德、刘弘基、窦琮、柴绍、唐俭始，殷开山、刘世龙等一共十四人。而在太宗李世民时期，曾经重新排定太原起兵的功臣名次，以刘文静第一，裴寂第二，之后是长孙无忌、王君廓、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦。原来的第三名(李世民忽略)长孙顺德变成了第八名，之后是柴绍、罗艺、赵郡王孝恭、侯君集、张公谨、刘师立，李绩、刘弘基等四十四人。李渊时代排名第四的刘弘基很惨，落到了十六名。为什么会有这样的变化？很简单，一朝天子一朝臣，一些亲李渊李建成的人被李世民的亲信挤到了后面。从古到今，政坛上最看重的就是站好队，跟对人。其他人品，才学都是次要的。