汉代董仲舒提出“罢黜百家，独尊儒述”，开中国2000余年的儒学正统之先声。随着以孔子为代表的儒家学说的社会地位上升，琴学得正统地位，一方面使得先秦各种活跃的琴学思想逐渐凝固为儒学教条，另一方面，也使两汉时期古琴艺术在理论的总结方面，取得了较大的成就。比如东汉琴家桓谭所著《新论》中《琴道篇》，蔡邕所著《琴操》等。
东汉琴家桓谭（约前33~39），曾为掌乐大夫，十分喜爱创作新声。桓谭的琴学思想主要见于其所著《新论》29篇。《新论》的主要内容，是针对当时流行的谶纬神学的虚伪实质，进行有力的驳诉。其中《琴道》篇则重于琴学理论的论述，内容包括琴论、琴史和琴曲解说等几个方面，此篇并未写完，由东汉的班固续成。
总体来说，《新论·琴道》中所体现的琴学思想，主要反映了儒家的音乐正统观。有些学者认为，桓谭在《琴道》中所论述的儒家音乐观，与他喜爱新声的音乐实践不相符合。比如关于礼乐关系，《琴道》记载有“琴之言禁也，君子守以自禁也。……八音广博，琴德最优，古者圣贤玩琴以养心”。说明音乐的使用要合于礼。关于音乐和自然的关系，《琴道》记载：“昔神农继宓羲而王天下，上观法于天，下取法于地，近取诸身，远取诸物，于是始削桐为琴，绳丝为弦，以通神明之德，合天地之和焉。”说明古琴的产生取之天地，和自然有着紧密的联系，把古琴形制附会于自然天象，视其为效法天地而作；所述完全为独尊天下的儒家之腐论。而与桓谭喜爱创作新声琴学实践相脱节，反应了当时知识分子人格分离的社会现实。
《琴道》在琴史方面，介绍了师旷和雍门周等琴人。其琴曲部分介绍了7首作品，分别是《尧畅》、《舜操》、《禹操》、《文王操》、《微子操》、《箕子操》、和《伯夷操》，每首作品不仅介绍了主题思想，还指出了它们的音乐特点。不难看出，无论在琴史或琴曲方面，同样反映了一种十分浓重的儒家音乐观。这与他驳诉谶纬神学的虚伪实质的进步行为，也形成了鲜明的反差。桓谭《琴道》中的理论，常为后世儒家所应用。
汉代的琴论继承发展了《左传》中乐论的观点，提高了古琴的八音中的地位。明确说明音乐的使用要合于礼，强调作为文人修身养心的琴乐，其目的就在于端正人心，禁止“淫邪”等不合礼的观念和行为。汉代琴论中的礼乐思想影响了以后的两千余年。音乐和政治的关系，是汉代琴论突出强调的问题之一，在这一时期的文献有不少记载。《史记》、《新论》、《淮南子》有大量篇幅加以论述，说明音乐对治国的重要性。蔡邕《琴操》也持相同观点：“琴长三尺六寸六分。象三百六十日也。广六寸，象六合也……上圆下方，法天地也。”这些琴论反映了作者追求天人合一的思想。《淮南子·泰族训》所载“神农之处作琴也，以归神杜淫，反其天心”；蔡邕《琴操·序首》记载“昔伏羲氏作琴，所以御邪僻，防心淫，以修身理性，反其天真也”。两段琴论中提到的“反其天心”、“反其天真”，借用道家的观点阐明音乐要返璞归真、回归自然本性的观点。这在当时独尊儒术的环境下，与“琴者，禁也”的主流言论相比，对古琴音乐的发展有着积极的意义。
魏晋时期，古琴得到了魏晋名士们的青睐。从“建安七子”到“竹林七贤”，再到两晋的大批名士，或琴书自娱，或琴酒消愁，以琴交友蔚然成风。琴在名士们的生活中占有十分重要地位，影响和体现着他们的精神世界，成为“魏晋风度”、“名士风流”的象征。魏晋六朝时古琴的定型期，也是历史上古琴艺术的兴盛时期。魏晋名士对古琴艺术的推崇，则是古琴发展的重要推动力。
汉代的士人，多为官为宦或出入豪门大姓;大都是忱于享乐，乐于享用他们心目中卑下的乐人演奏的“郑卫之音”的。在风花雪月声色犬马酬酢之后，心灵又往往有矛盾空虚之感;惟有寄托于琴，抚弦操缦。琴音本身的清静特性，确实使人心净神清;在悠悠琴音的涤荡中，能重塑其傲岸浩然的儒士之慨。这就是“琴者禁也，所以禁止淫邪，正人心也”、“御邪僻，防心淫”等论点提出的真正社会背景。以下两则史实，就是这种风气的很好说明：
离事篇》
“善鼓琴……性嗜倡乐。”《后汉书桓谭列传》
东汉通儒马融，也是既善鼓琴，也好俗乐，并作《长笛赋》。
“常坐高堂，施绛纱帐，前授生徒，后列女乐。”《后汉书马融列传》
在这样的社会背景下，汉代的琴就从单纯“歌南风”的乐器，变为“御邪僻，防心淫”、“修身理性”之器。琴也跟着从一件普通乐器，超出世俗，甚至超过曾肩负过周代礼乐重任的“金石之乐”的钟与磬，而跃为“八音之首”。琴的地位更被提升成四时五行、天地六合、尊卑位分的象征，从而成为“琴道”。从此，古琴成了士人的专用乐器;并造就形成了人类文化史上极其罕见的乐种：连绵延续二千多年，充满了文化人智慧的 “文人音乐”--古琴音乐。