慈禧一直在临死前，脑子都十分清楚，这个《清史稿》有记载，《慈禧光绪病逝记实》也有记载，当慈禧安排溥仪进宫之时，她就知道光绪已经不可能复出了，因为她已经决定了痛下毒手。所以慈禧毒杀光绪，不可能是在神智昏乱情况下做出的，毒杀光绪，是她经过深思熟虑过的决定。
慈禧毒杀光绪，应该出自于以下理由：
(1)身后不留仇敌
慈禧手段的毒辣，这个不需要浪费文字举证、说明，因为这个人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她确信光绪对自己十分仇视，那么仅这一条就足够让她在临死前动杀心了。而光绪恨不恨慈禧，几乎不需要思考就能回答。
慈禧发动政变，中止了光绪寄予厚望的维新变法，并将光绪帝幽禁起来，这一幽禁就是十年，这十年，不论是在肉体上还是在精神上的折磨，对光绪都是刻骨难忘的，何况在这十年之中，慈禧并不是让他安安宁宁的在幽禁之处消磨时间，慈禧有的是折磨光绪的办法。送给光绪的饭菜多是发馊的，瀛台的窗户纸是烂的，连光绪盖的被子也破旧污脏。《述庵秘录》上说在光绪去世后，“有人见其病室中陈列极陋，睡—大床，安段北京泥土火炉，裱糊之壁纸破裂霉烂，盖下等百姓家所居也。”光绪还要时不时地被慈禧叫去训斥，尤其在慈禧看戏时，她要叫光绪坐在她的旁边，一边看着戏，慈禧一边拿戏上的人物指桑骂槐，说那个忤逆不孝，应该遭受怎样的折磨，如此等等。
在幽禁之中，光绪曾被慈禧一掌打落了牙齿(见本书第四章第二节的引文)，光绪在瀛台不能出来，无法与外面联系，慈禧又不许别人去看他，光绪郁闷难遣，就设法用纸条和弟弟载沣交谈，但慈禧连这个也不允许，《述庵秘录》对此有记载：
光绪既被西后之虐禁。不得与臣工交语，其近支土公，亦无敢私谒者。帝乃久喑思语，秘置一小箱于南书房中，私与其弟醇王书，令彼此以书面交换。通信钥匙，则二人各一。外人不得开之。其书面大抵言外间琐屑事。以此笔谈而已。此事后亦为西后所知，怒而禁止。此后并此笔谈之自由，亦剥削矣。
光绪被囚禁的瀛台对光绪本人虐待，那还不够，狠毒的慈禧还要整死光绪最心爱的珍妃，害死珍妃，是慈禧所做的最令人痛恨的事情之一。
光绪皇帝有一后二妃，即隆裕皇后，瑾妃、珍妃。隆裕是慈禧的亲侄女，而瑾妃、珍妃俩是同胞姐妹。在这一后二妃中，光绪最为宠爱的是珍妃，珍妃不但长得漂亮，而且性情活泼，兴趣广泛，她喜欢玩，在宫中时而扮成宫女，时而扮成少年，光绪忙碌的时候，她还能协助光绪处理政务。但她的脾气耿直、性格倔强，因看不惯慈禧的所做所为，偶尔有顶撞的言行。慈禧也看不惯珍妃的活泼好动，另外，光绪不怎么爱慈禧的侄女，钟情于珍妃一人，这也让慈禧非常不满，慈禧在戊戌政变幽禁了光绪之后，对珍妃也施以杖责，并撤去簪环，将她幽禁在偏僻的钟粹宫后北三所，下令永不许她再见光绪。但最残忍的是，在八国联军进京，慈禧行将西逃时，竟不许珍妃随行，下令要她跳井殉国。
关于慈禧逼死珍妃，各种记载极多，几乎各种记载都认定是慈禧下令害死珍妃的。《述庵秘录》对此事的记载是：
及拳匪事起，七月念夜召见军机毕，两宫暨后妃易微服将行，慈禧谓珍妃曰：“予将帅尔行，拳匪如蚁，土匪渐起，尔年尚韶稚，倘遭污，莫如死。”时宫中扰攘，内监总管崔某，邃牵珍妃毡裹推诸井。
除此之外，《清稗类钞》中也有珍妃被慈禧赐死的记载。解放后，《故宫周刊》还曾采访过亲眼目睹珍妃被害的太监唐冠卿，唐冠卿也力证是慈禧下令害死了珍妃，执行这个命令的是太监崔玉贵。崔玉贵清亡后，也坦然承认是自己奉慈禧之命推珍妃下井的，他还说：
我不会忘掉那一段事，那是我经历的最惨的最惨的一段往事。回想过去，很佩服二十五岁的珍妃，说出话来比刀子还锋利，死在临头，一点也不打颤，我罪不该死！皇上没让我死！你们爱跑不逃跑，但皇上不应逃跑！这三句话多在理，咽得老太后一句话也回答不上来，只能耍蛮，在冷宫里呆了三年，能说出这样的话，真是了不起。(出自《宫女谈往录》)
崔玉贵觉得珍妃了不起，光绪自然更觉得她如珍如宝，对她的挚爱难以用言语来形容。
光绪或许能原谅慈禧对自己的十年幽禁，毕竟慈禧作过他名义上的娘，在宫中养大了他，并将他扶上皇位，这些对他的“好处”就和十年的幽禁相抵消，但光绪绝对无法原谅慈禧害死自己心爱的女人。即便是一个普遍男人，在无力保护自己的女人，而让她遭遇横祸时，也是痛心疾首肝肠寸断的，而光绪作为帝王，大清的皇帝，却无法保护自己的女人，恐怕此后每想起此事，光绪的心都在滴血，要说光绪不恨慈禧，天下真的不会有人相信。
珍妃被害时，年仅24岁，正是如花似玉的年龄，却命丧慈禧毒妇之手。在光绪得知珍妃被害时，“悲愤之极，至于战栗”(黄鸿寿：《清史纪事本末》，第67卷)，“悬妃之旧帐于密室，不时徘徊帐前，饮泣而已。”(王树枬《德宗遗事》)这是任何一个正常男人都会有的反映，而对慈禧的仇恨，从此刻起，便永世也不会磨灭。
珍妃死后，为她惋惜的人极多，《光绪帝外传》的作者恽毓鼎就写有《落叶词》哀悼珍妃，其词为：
金井一叶坠，
凄凉瑶殿旁。
残枝未零落，
映日有辉光。
沟水空流恨，
霓裳与断肠。
何如泽畔草，
犹得宿鸳鸯。
童年、少年时对光绪的严酷和不近人情，戊戌政变对光绪的幽禁，西狩前对珍妃的残害，回銮后仍将光绪羁押在瀛台。凡此种种，光绪怎能不恨她，光绪对她恨得深、恨得持久，恨得咬牙切齿永世难忘，这样才是正常的，而光绪不恨她，在她稍微示以宽松亲善，就把一切的深仇大恨都忘了，这才是不正常的。
不过光绪虽恨慈禧，以光绪磊落的个性，正派的为人，绝不会在慈禧死后对她进行污蔑侮辱，更不会剖棺戮尸，究竟他们自间还有那一层母子名分。但慈禧是个恶毒妇人，自然以她的心肠来衡量别人，她自己干过剖棺戮尸的恶行，怎能不提防别人也这样子来整自己呢。
(2)杀心早萌，杀机常在
戊戌政变之后，慈禧就明白，仅仅这个政变，光绪与她之间就没有了重新和好的可能，所以从那时起，慈禧就一直谋划着废黜光绪，这个计划因种种原因未能实施，慈禧只好先维持现状，之所以维持现状，是因为慈禧确信，只要自己活着，光绪就翻不过她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想办法、再等机会。当庚子年八国联军进逼北京，清兵屡战屡败无力阻止洋兵，慈禧感觉走头无路，准备自杀时，她就决定不能让光绪活在世上。此事《景善日记》有记载，其内容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕禄之兵在北仓杨村蔡村等地，大败三次，裕禄逃入一棺材店，继而自杀。李秉衡于十四日到河西，务用尽心力，以收集军队。而张春发、陈泽霖二人均不愿战，李遂仰药以死。荣禄入宫，报此消息于太后，君臣相对而泣，皆诸王公及拳匪所酿之祸，使吾国家至于此也。荣禄乃极聪明之人，自此并不表曝己之先见。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉国，并令皇帝亦殉之。
这段记载最重要的有两处，一处是最后一句：“老佛言，出走不如殉国，并令皇帝亦殉之。”就是说，还在此时，慈禧就已经决定，她自己若死的话，决不会留光绪皇帝活在世上。由此可见，杀光绪并不是将死之时的临时决定，而是一贯方针，就是不许光绪逃脱自己的掌握，自己要死，必将要拉上光绪，不会给他独自执政的机会。
这处记载的另一重要之处，是“荣禄乃极聪明之人，自此并不表曝己之先见。”荣禄是一直反对用义和团攻打洋人使馆的，认为那样必会惹出大麻烦，慈禧却没听荣禄的话，一意孤行，既同时向十二个列强国宣战，又命义和团与清兵一起攻打洋人使馆，事情终于闹得无法收场，洋兵节节进逼京城，此刻，面对荣禄时，慈禧的心中肯定是既羞且愧，这时如果荣禄宣称自己早就说过如何如何，虽然没责备慈禧的意思，但宣扬自己的先见之明，也足以让慈禧在羞愧难以化解之下，对荣禄生出厌恶甚至杀心，这叫“恼羞成怒”，荣禄很聪明，小心翼翼的不触动慈禧的羞愧之处。
在八国联军入京，慈禧仓皇西逃，继而感觉按老一套无法走了，国家必须维新方有出路，在此时，慈禧面对光绪时，心中自然也有羞愧的感觉，当然，慈禧绝不能当着光绪的面表露出羞愧，即便面对群臣有所表示，如《庚子国变记》中所写的“太后每见臣工。恒泣涕引咎。臣下请行新政，多所采纳。”那也是为挽回人心的一种需要，一种工作方法，决不是慈禧真的潘然悔悟，从此要洗心革面、发奋图强，另外，慈禧的“泣涕引咎”，假装十分痛悔，那也是掩饰羞愧的方法之一。而光绪并没有如老奸巨猾的荣禄那样，小心翼翼的呵护慈禧的羞愧，例如《近代稗海》的这一段记载，写慈禧在洋人走后重新回到北京时的作为以及光绪的表现：
回銮未数日，大臣即议筹款建正阳门楼。光绪曰：“何如留此残败之迹，为我上下儆惕之资。”而慈禧却以诸臣之议为是。还召外优演剧。光绪说：“这是何等时光，还唱得什么戏。”被一小太监听到，怒曰：“你说什么？”光绪赶紧说：“我胡说，你千万莫声张。”
这样一个爱说真话的光绪，估计经常在不留意时，让慈禧羞愧，慈禧以群臣之议为是，支持重修正阳门楼，除过她爱好奢华的特点外，恐怕也有护羞的逆反心理在作怪。光绪没有荣禄的心机，光绪也对慈禧恨得太深，尽管时时掩饰，但那种从内心深处的仇恨是很难完全掩饰住的，在一些小事上不经意的就会露出来，时时刺激慈禧的羞恶之心，使她时时牢记不能放过光绪，这样，在她自知将死之时，首先想到的便是先杀害光绪。