靖难之役，朱允文退出政治的舞台。作为朱允文的拥护者，方孝儒不肯尊朱棣为正统的皇帝，大量抨击当时的新皇帝，在文章中就有。作为帝王朱棣为了加强自己威信，对于不识时务的他不得不痛下杀手。所以朱棣灭了他九族，还有一族他的朋友。可惜他一代大儒落的如此下场。
史上最有骨气文人 873亲人被当面杀死不屈服
朱棣起兵前，谋士姚广孝对他说：“朝中有个叫方孝孺的，学问很高，而且很有德操，将来殿下夺取天下，他一定不肯归附，不过殿下千万不要杀他，杀了他，天下读书人的种子就灭绝了。”朱棣颔首答应。朱棣占领南京后，方孝孺果然不肯归附，朱棣于是将其投入狱中。几天后，朱棣准备正式登基，让方孝孺为他拟写登基的文告，方孝孺坚决不从，朱棣派方孝孺的学生廖镛、廖铭二人前去劝说，反遭一顿痛斥。
无奈之下，朱棣只好派人强行押解方孝孺上殿。方孝孺当时穿着一身斩衰(古代的一种丧服，按生者和死者关系，丧服分为五等，斩衰最重)，在大殿上嚎啕不已。朱棣命卫士强行撕去方孝孺的丧服，换上朝服，之后强压怒火，亲自劝解方孝孺说：“先生不要难过了！朕本来是要效法周公辅佐成王的。”方孝孺立即反问道：“成王在哪里？”朱棣说：“他自焚死了。”方孝孺又问：“为什么不立成王的儿子即位？”朱棣说：“国家要依赖年长的君主来治理。”方孝孺再问：“那为什么不立成王的弟弟为帝？”朱棣语塞，只好说：“这是朕的家事，先生不必过多操劳。”
朱棣让左右将纸笔递给方孝孺，说：“诏天下草，非先生不可。”方孝孺接过纸笔，挥毫写下“燕贼篡位”四个大字，然后把笔一扔，大声道：“死即死，诏不可草。”朱棣见方孝孺不合作，便以诛九族相威胁，方孝孺愤然道：“便十族又如何！”朱棣大怒，命人将方孝孺的嘴豁开，从嘴角一直割到耳朵。方孝孺满脸是血，仍旧痛骂不绝。朱棣厉声道：“岂能让你如此痛快地死，当灭你十族！”方孝孺十族共被杀八百七十三人，都是当着方孝孺的面杀的，每杀一人，监斩官都要问他是否回心转意，方孝孺强忍悲痛，始终不肯屈服。
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方孝孺，字希直，一字希古，明朝浙江宁波人，明代大臣，著名的学者、文学家、散文家、思想家。后因明成祖朱棣篡位，方孝孺不愿为他起草诏书而被杀。终年四十五岁。
小韩子
方孝孺6岁能诗，机警敏慧，双眸炯炯有神，读书一日之量，可以盈满一寸的厚度，人们对他的才学感到惊奇，都把他叫“小韩子”(意即“小韩愈”)，方孝孺15岁随父兄北上济宁，励志攻读。长大后，又拜宋濂为师，深受当时的大学者宋濂的器重。宋濂门下的知名之士，都比不上他。洪武十五年(1382)，东阁大学士吴沉等起荐方孝孺，应征至京，在奉天门奉旨作《灵芝》、《甘露》二诗，太祖朱元璋感到写得非常的好。赐宴时，太祖朱元璋有意使人摆放在几案上的饮食器具放的歪歪斜斜的，试其为人，方孝孺把它们摆放整齐后才后坐。朱元璋喜其举止端庄，学问渊博，有期待日后辅佐子孙之意，厚礼遣送回家乡。
代老师捉刀
明太祖曾令宋濂作《灵芝甘露颂》，接着让他参加宴饮赐酒，于是大醉。回家之后，把这件事说给孝孺听，隔没多久，宋濂就因酒醉酣睡去了。方等候老师至夜深，一看仍未醒来，料到先生沉睡不醒，明日早朝定当误了写颂这件大事，即刻自做主张，动手为老师捉刀，把这件文书完成。
等到天刚破晓，宋起身准备上朝，再一想，完了！错愕间告诉方说：“我今日肯定没命啦。”方问何故？宋答：“昨天皇上命我作颂，大醉之余，误了正事没写，如今来不及了！皇上一发怒，必定赐我死罪。”方说：“我正恐怕先生醒得太迟，来不及写，所以我已经先替您拟了一份草稿，或许您裁定之后，可拿去進献于皇上，行吗？”接着就把文稿呈上，宋阅读之后说：“很好，何必改呢？”于是急忙揣進兜里，带着入朝。
太祖迎着宋濂问：“写好的那颂在哪？”宋立刻拿出来奉進。皇上读毕之后说：“此文并非宋学士你亲笔写的。”宋又一顿错愕。皇上说：“此文写来胜过先生呢。”宋只好实话实说，叩头如捣蒜的谢罪说：“微臣实在因为昨天承蒙皇上赐酒、喝过头了，回去大醉不醒，无法为文成章，是我的门生方某，看不过去代为写的。”皇上说：“此生文笔胜过你多多。”于是立刻召见方，即时在殿上以一论五策出题考试，方立即援笔而成。上阅览完毕，又再对宋说：“他实在胜过你哪。”
接着立即命人当面赐给方绯袍(红色绸袍)、腰带，但还是戴着布衣头巾，令他到礼部赴宴，又命同姓里的宗伯亲友陪席。同时暗中派人观察他的言行举止，而方竟然巍然端坐上席不动。皇上说：“这个人为何如此倨傲？”因此不留他在朝中任职，使他外派为蜀王府教授。回头又告诉懿文太子(朱元璋长子，朱标，后短命而死)说：“有一个最佳儒士被我发现了，将来要辅佐你，如今我先把他寄在蜀王府那儿当个教席。其人个性刚烈倨傲，我现在先压服他、抑制他，等你临朝时再用他，定会得其大力辅助之功哪。”
维护正统 被夷十族
文皇(即明成祖，朱棣)登基称帝，姚广孝了解方孝孺，破城之前，曾请求朱棣，称看重气节的方孝孺不会轻易归顺，希望手下留情不要加害，否则天下读书种子绝矣。《明史·方孝孺列传》记载：
成祖发北平，姚广孝以孝孺为托，曰：“城下之日，彼必不降，幸勿杀之。杀孝孺，天下读书种子绝矣。”
朱棣问姚广孝：“谁可以起草继位诏书？”广孝回答，只有方孝孺行，于是朱棣命人召他来。经过数次的往返征召，方竟然不肯前来，最后派人强行挟持他入朝上殿，方却披麻带孝，一路神情哀凄悲哭不止。既到内殿，朱棣令他起草即位诏书，他更是大声号泣，誓死不从，再三强迫他执笔，他一再丢掷不拿，口中的骂声益发严厉，说：“再怎么样，也不过诛杀我九族而已！”成祖听了，更是愤怒，说：“朕就决定夷汝十族。”左右问：“多的是哪一族？”皇上说：“他的朋友也算一族啊。”于是尽杀与方孝孺有牵连的九族人性命，而且大肆搜索天下所有与方为友的人，一并杀之。
先祖杀生 贻误后人
方希直(孝孺，字希直)祖先墓茔，起初传说有妖孽祸乱，后来决定修治坟墓，一打开，发现一条巨蟒从坟冢中爬出，那巢穴里，繁殖力极为惊人，蛇子蛇孙大约有数千条，沿着洞穴广布攀爬、四处盘踞，腥臭的秽气，逼人欲呕。
众人决议，想尽数歼灭它们，所以暂且先把那巢穴掩盖上然后回家，再各自整治些梃(木杖叫梃)、(大锄叫)等火攻的器具。那个晚上，方公祖父梦见有位黑衣老妪拜见，再三恳切的讲：“吾辈没做什么有损于公之事，公打算一举歼灭我的族众，倘若您能舍弃此计划，我们当报您以德，不然的话，我们也能以怨相报哪。”
祖父问：“怎么个以怨相报法呢？”老妪答：“公能歼灭我的族众，我也能尽灭公的族人。”又说：“我今晚是特地领着全族人来恳求您的。”方祖回顾老妪背后，一望无际的男女跟着，看不到边儿，可他竟然还是不许。
隔天，方祖告诉家人这个梦，并且说：“就是一伙妖蟒呗，正当除掉才是。”因此大家极力搜捕，放火焚烧、杀尽灭绝。那个夜晚，听到山中哭声震天。再后来，方孝孺公不幸遭遇此种“夷十族”的惨烈巨祸，蟒蛇的以怨相报的说法，也诚足可信呢。
结语
看来，朱元璋虽然出身贫苦，可却是天象变化下的真命天子，否则哪有刘基、宋濂的辅佐？再瞧他那爱才之心、知人之明的睿智，为太子登基之后，预留人才，不但眼光长远，而且能看透方孝孺的缺点而事先加以磨练，确实有他的治国长处。只可惜事与愿违，那史册上评价极好的懿文太子却天不假年，没福继承国祚，先朱元璋而去。
那方孝孺也因为祖辈造下杀生罪业而被夷十族，据《明史》记载，朱棣将方孝孺九族诛尽还无法息怒，便把方孝孺的门生和朋友也算作一族一并处死，被杀者共计八百七十三人，投狱和流放充军者更达数千。这两笔数字，正好与那一窝大蟒的蛇子蛇孙之命相抵。看来，一饮一喙莫非前定，冥冥之中，自有安排，信哉！
(事据明 祝允明《野记》)