在咸丰皇帝去世以后，奕便和慈禧慈安两宫太后联合起来，结成了同盟，共同对付以肃顺为首的“顾命八大臣”。这次政变史称辛酉政变(又称北京政变)，奕和两宫联手，一举击溃了肃顺等人的势力。两宫太后获得了“垂帘听政”的权力;奕被封为议政王，出任军机揆首，监管总理各国事物衙门，以及担任宗人府宗令、总管内务府大臣、领神机营、稽查弘德殿一切事物等要职。
辛酉政变后，慈禧意欲独揽朝政，而奕没有把深宫中的两个嫂子---两个女人，放在眼里，想“挟天子以令诸侯”。此时，宫中呈现出了两雄并立之势，在权力欲的诱惑下“同盟”已经出现了裂痕。
奕自从掌握军政大权以后，一面不断取媚于外夷，一面全力围攻太平天国的起义军，终于攻陷天京，将一场轰轰烈烈的农民起义镇压了下去。奕“安外攘内”的策略让军机处的人对他都很恭维，洋人对他也很赏识，他在得意中也不再把慈禧这个“女流之辈”放在眼里。
爱新觉罗·奕訢而慈禧是个权力欲极强的女人，她绝不会容忍奕独揽大权，奕越是成功，她就越是记恨，终于产生了要剪除奕的决心。而此时的奕并没有感到危险，他在得意之时的言谈举止，任人行事未免粗疏而授人以把柄。
同治四年(1865年)，慈禧终于等来了奕出错的时机。不过，这一次并非奕出错，而是本非安分之徒的新复翰林院编修署日讲官蔡寿祺看准了奕，慈禧矛盾日渐尖锐，颇有几分以头颅为赌注的政治流氓气味，切中慈禧而上奏参劾奕。这一参劾，触发了慈禧与奕围绕权利分配的宫廷斗争。蔡寿祺的参劾共八条，列举了奕贪墨、骄纵、揽权、徇私四大罪状。但是，蔡寿祺所列举奕的四大罪状均无实际根据可查，全是由“疑虑”、“猜疑”、“疑惑”而顶，却又极富煽动性。所以，蔡寿祺的奏折一上，两宫震怒，诸臣惶惶，奕虽气愤而不知所措。
关于蔡寿祺参劾奕一案，在李慈铭的《越缦堂日记》。王闿运的《祺祥故事》都有生动的描述。而李慈铭，王闿运二人皆为当时权贵的座上客，故其记载应该是比较真实，绝非一般野史那样的捕风捉影。据《越缦堂日记》记载：
传是日王(即议政王奕)进见，太后谓王曰：“有人劾汝！”示以折。王不谢，固问：“何人？”慈禧言：“蔡寿祺。”王失声曰：“蔡寿祺非好人！”欲逮问之。两宫怒甚，即召见大学士周培祖、瑞常、吏部尚书朱风标、户部侍郎吴廷栋、刑部侍郎王发桂、内阁学士桑春荣、殷兆铺等，垂泪谕臣曰：“王植党擅政，渐不能堪，欲重治王罪！”
慈禧利用蔡寿祺这一参劾，假小皇帝之名，亲书谕旨，着革去奕一切差使，并善后安排诸大臣和亲、郡王替代奕诸职。于此，可见慈禧欲打击奕之决心和手段。
但是，奕也决非一下子就可能打倒的。慈禧假皇帝名义的谕旨颁发后，惇亲王奕惇立即进折为奕申辩，五天后又有醇亲王奕譞上折为恭亲王请命;通政使王拯、御史孙异谋亦各具折，均请“酌赏录用，以观后效”。此后，诸亲王、大臣亦纷纷上疏，朝廷舆论一时间指皆斥蔡寿祺而倾向奕盉。慈禧眼见事态急转直下，欲重治奕根本不可能，不得不偃旗息鼓，收兵作罢。于是，奕复被录用，只是被撤去了议政王衔;奕于两宫召见时亦假惺惺地洒下了一把辛酸泪。至此，紫禁城内持续了39天之久的一场政治风波始告平息。
此次奕与慈禧的权力之争，就奕而言，是极尽全力应付了一场突然袭击;而慈禧的行事又未免草率荒唐。慈禧实在是低估了奕的实力及其影响;奕毕竟是小皇帝载淳的堂堂皇叔，参与朝政多年，于朝野上下树老根深，党羽众多，又建有匡扶社稷之功，且有外国侵略势力做靠山，绝非旦夕可以动摇者。所以，任凭慈禧的“杀手锏”威力再大，也不可能轻易就将奕打倒。
奕和慈禧的这番权力较量，毕竟还是以慈禧的小胜而告结束的。奕被免去了议政王衔，促使他认识到不可太为张扬，因而此后也有所收敛;他还认识到只可与慈禧较量而不可触怒慈安，否则会造成两宫合力同心之险局。此后，奕在保全自己的前提下，亦不忘伺机反击，同治八年诛杀慈禧宠信太监安德海，即是奕吸取此次教训，利用慈安而达到目的的。
在此之后，虽然慈禧始终把加强个人的独裁权力放在第一位，而奕也并未伏首甘伏，双方的权力之争波澜起伏，几起几落，一直持续了近二十年。慈禧一直在寻找狠狠打击奕的新的时机。光绪十年(1884年)，机会终于来了。这一年，法国入侵越南，把中国在越南的军队赶了出来，并把战火烧到了中越边界，中法之间已不可避免地将要发生战争。慈禧立即抓住这一时机，假公事而泄私愤，以奕办事循旧、固执己见为由，彻底罢免了他，并且改组军机处。至此，慈禧的统治地位大大巩固。虽然是两宫太后垂帘听政，但慈安太后无意政事，慈禧便开始长达半个世纪的执政。