——科学史上最大的一起迫害案上回说到大主教贝拉尔明鼓动如簧之舌，在教皇面前搬弄是非，于是伽利略大难临头。不几天，他身戴枷锁被从千里外的佛罗伦萨押到了罗马。这时他已到66岁的迟暮之年，诸病缠身，朝不保夕。本来医生说：“他可能等不到去罗马，就会在路上消失到另一个世界去。”可是教皇说，就是死了，也要押来受审。他的朋友们曾劝他逃走，并准备好了车马，可是伽利略说，我是一个虔诚的教徒，我应该到罗马去当面把这一切说清楚。
这天，伽利略被押到宗教裁判所，颤巍巍地站在被告席上。主教贝拉尔明阴沉着脸坐在案后，还不等伽利略喘过气来，便拾起一本书在桌上啪地拍了一声，喝道：“伽利略，这本宣传异端的东西，可是你写的吗？”伽利略不须细看，便知道他摔的正是那本《对话》，便说：“主教大人，书是我写的，但那并不是甚么异端邪说。序里开头说得明白，那不过是一种假想。再者书中的三个人物，各代表一种观点，自由讨论。亚里士多德的代言人辛普利耶也在充分发言啊！”
主教一声冷笑，“伽利略，你真会诡辩，你让辛普利耶代表亚里士多德说话，可是，你同时又借那两个狂徒的口百般讽刺挖苦他。你既然是一个虔诚的教徒，为甚么又攻击圣经上写明的道理？”
伽利略有点激动了，他抖动着满脸银须，大声反驳道：“科学发展到今天，从望远镜里已经看到许多新证据，我只不过如实将这些写出来供大家讨论，而你连这也不允许，这分明是要一个科学家去背弃自己的感情和那些无可否认的事实。这是你们在制造异端！”
伽利略努力使自己的情绪镇静下来。然后，他以自己对教会的虔诚，历数许多新证据，从各种角度对圣经进行解释，并且他一再说明，这只是假设，是为了讨论问题方便，决无宣传邪端之意。他说得口干舌燥，眼睛里噙着泪花，虔诚之中掩藏着愤怒。他愤怒于胸却又不敢直陈于口，但是又决不甘于投降认罪。他站在那里内心矛盾，两手发抖，脚涨得通红。他尽腹内所有的学识，努力掌握着一定的分寸，与主教大人进行着马拉松式的辩论。从上午开庭，一直这样辩论到暮色苍茫，直到教堂的天窗上那最后一缕阳光也已消失，还是没有任何结果。
这时贝拉尔明早按捺不住了，便将桌子一拍，拿出一张纸，恶狠狠地说：“伽利略，这里有你十六年前在罗马保证不再宣传哥白尼学说的亲笔签字，这次你的态度再不好，可是要判。重犯'罪的！”说完便宣布休庭，拂袖而去。
审讯就这样一直进行了三个多月，毫无结果。教皇大怒，下令对伽利略进行“严厉审判”。这“严厉”二字却非同小可，它是宗教裁判所专门对付异端的手段。大致分五个步骤：一、先对犯人提出警告；二、拿出刑具威胁；三、领犯人看别人受刑的惨状；四、加上刑具，给最后一个招供的机会；五、施刑，如不招供直至折磨至死。这整个施刑过程都是“维里亚”式（意即“不眠”）的。法官四小时换一批，犯人却不得有片刻的休息。
这天，伽利略在自己心爱的学生沃雅尼和罗马几个朋友的搀扶下来到“严厉法庭”门口。沃雅尼眼里含着泪花，望着伽利略那一风便可吹倒的身体，难过地说：“老师，请多保重，看来今天他们要对你下毒手了。”伽利略以手扶着他的肩膀，仰望着教堂顶上的十字架说：“上帝作主，理性是不会屈服的。”几个老朋友也都眼泪汪汪地围过来，欲言无语，生离死别。这时伽利略反倒很沉静，他微笑着，看看天空说：“不管怎样，地球，我们大家，连同这座教堂，都在围绕太阳转动。三十二年前布鲁诺为此而献身，今天又需要我去殉难了。”说罢，他整了整长袍，毅然向裁判所大门里走去。那大门像一只张大的虎口，待伽利略的背影一闪进去，虎口喀嚓一声便合闭了。沃雅尼看着那两扇满是铁钉的大门，哇地一声哭出来，一下跌坐在门前的台阶上再也站立不起来。
伽利略的朋友和学生在裁判所的大门口从早晨等到天黑，那扇大门还是冷冰冰地没有一点动静。他们心焦如焚，不知此时老人正在过第几道关。他那十分衰弱的身躯可经得起那些刑具？他们想着，猜着，看看日落月升，冒着飒飒寒风，直熬到东方发白，又过了一天一夜。第二天早晨，连他们自己也己身心困顿，实在难以支持了。这时那扇黑大门眶当一声，突然打开。大家一起从地上跃起，但出来的却不是伽利略，而是一个教士，手里举着一纸文书，身后还跟着几个人。这时教堂上的大钟也突然当当地作响。沃雅尼一下挤到最前头，他努力向里面张望，却看不见他的老师出来。这时钟声停了，教堂门口早已黑压压地聚来一片人。那个教士手里举着一纸文书喊道：“上帝的孩子们！伽利略已经向教廷认罪，承认自己是宣传了违背圣经的异端邪说，并在悔罪书上签了字，现在就来宣布他的悔罪书：
‘我，伽利略，亲临法庭受审，双膝下跪，两眼注视，以双手按着圣福音书起誓，我摈弃并憎恶我过去的异端邪说…我忏悔并承认，我的错误是由于求名的野心和纯然无知…我现在宣布并发誓说，地球并不绕太阳而运行。我从此不以任何方法、语言或着作去支持、维护或宣扬地动的邪说。’”
沃雅尼愤怒地喊着：“这不可能，这是诬蔑，是捏造，让伽利略先生亲自出来说话，让……”
这时，伽利略真的出现在教堂门口。他已经被折磨得叫人难以辨认，满脸银须被汗水混成一撮一团，脸色白得像一张纸，浑浊的目光直视着前面。沃雅尼一见便扑了上去，半跪着拉住伽利略的长袍：“老师，这是怎么一回事，你签字了吗？这是真的吗？”
伽利略那苍白的脸上，泛起一点羞愧的红晕，他不敢直对沃雅尼的目光，用低得几乎听不见的声音回答：“是真的，我签了。”
沃摧尼一下跳了起来，用手狠狠地擦了一把眼角的泪水，喊道：“伽利略先生，你真的投降了吗？你是我的导师，是人们心中的神，你在比萨斜塔上，在威尼斯钟楼上，在罗马广场上，都以自己伟大的发现征服过愚顽的恶势力，赢得了众人的爱。你坚信自己的学说，终身宣扬自己的学说，你说过，谁不知真理，他只是个傻瓜，但谁如果知道真理，却把真理说成谎言，那他就是一个罪犯。你今天向教廷认了罪，可是对真理，对您自己却犯了大罪啊！”沃雅尼急了，疯了，现在最难受的好像不是伽利略，而是沃雅尼。他泪光闪闪，盯着伽利略的眼睛，拉着他的袖子，摇着，问着，他希望这一切都是假的。伽利略仍用几乎听不见的声音说：“孩子，真理我当然不会抛弃，悔罪自然是假的，但是我真的签了字，你们骂我吧，我已再不属于那个科学的世界，已不配做你们的老师。”沃雅尼眼中冒出怒火，一下摔掉他的衣袖，愤愤地说：“你去认罪吧，地球还在转动！”
正是：
实验证据千千万，独辟蹊径向峰端。可惜只缺牺牲志，伟人憾留污一点。
这时突然钟声又重新响起，大主教贝拉尔明从教堂里走了出来。他向台阶下傲视一圈，举手在胸前画了个十字，做出一种庄严的腔调，开始大声宣布法庭对伽利略的判词：
“本神圣法庭要阻止引起神圣的信仰遭受毁灭和愈益扩大的混乱和毒害。根据教皇和最高的世界异端法庭各位枢机主教的命令，两个原理——太阳静止和大地运行——受到神学家的审查如下：
太阳是世界中心而且静止的原理，在哲学上是荒谬的，虚伪的，而且形式是异端的，因为它和圣经上说的相矛盾。
大地不是世界的中心，而且不是静止的，也是昼夜运行的原理，在哲学上也是荒谬和虚伪的，在神学上至少是信仰的错误。
为了处分你这样严重和有害的错误与罪过，以及为了使你今后更加审慎和给其他人作个榜样和警告，我们宣布，用公开的命令禁止《对话》一书。判处暂时把你正式关入监狱内。根据我们的同意，以及使你得救的忏悔，在三年内，每周读七个忏悔圣歌……”
教廷对伽利略的这项宣判，直到二百多年后的一九八○年，才又经罗马教廷复议平反，宣布取消。这是科学史上时间拖得最长的一起冤案。